一、根莖不同

黃連的根莖是黃色，會有分枝，具有很多的須根。

黃芩的根莖十分肥厚，屬于肉質(zhì)的，底部伏地、上升，高度可以達(dá)到30-120厘米。底部的徑為2.5-3毫米左右。

二、葉片不同

黃連的葉片有些革質(zhì)，長度約為3-8厘米，寬度約為2-3厘米。頂端十分尖，呈卵狀三角形。

黃芩的葉片為葉堅紙質(zhì)，長度約為1.5～4.5厘米，寬度約為0.5～1.2厘米。它的頂端是比較鈍的，底部為圓形，呈披針形至線狀披針形。葉片上面為暗綠色，下面的葉色相對來說比較淡。

三、花朵不同

黃連的花朵為線形活線狀披針形，長度約為5-6.5毫米。它的頂端為漸尖銳，中間具有蜜槽。

黃芩的花為紫色、紫紅色或是藍(lán)色，長度約為2.3-3厘米左右。其花柱十分細(xì)長，先端比較尖銳，微裂。