分類經(jīng)營管理制度是此次修法的重點，是貫穿森林法修改的一條主線，也是多年來林業(yè)改革發(fā)展取得的成熟可行經(jīng)驗之一。

1995年，原國家體制改革委員會、林業(yè)部聯(lián)合頒布的《林業(yè)經(jīng)濟體制改革總體綱要》中提出“森林資源培育要按照森林的用途和生產(chǎn)經(jīng)營目的劃定公益林和商品林，實施分類經(jīng)營，分類管理”。1999年，《國家林業(yè)局關于開展全國森林分類區(qū)劃界定工作的通知》要求各地開展森林分類區(qū)劃工作。全國據(jù)此開展的首次森林分類區(qū)劃界定，為實施林業(yè)分類經(jīng)營和建立森林生態(tài)效益補償制度打下了基礎。2003年，《中共中央 國務院關于加快林業(yè)發(fā)展的決定》明確提出：“實行林業(yè)分類經(jīng)營管理體制。將全國林業(yè)區(qū)分為公益林業(yè)和商品林業(yè)兩大類，分別采取不同的管理體制、經(jīng)營機制和政策措施。”

1998年森林法修改時，對于分類經(jīng)營管理制度是否在森林法中進行規(guī)定，曾經(jīng)進行過研究、討論。雖然原森林法沒有將“分類經(jīng)營管理”作為基本制度寫入法律，但是通過設定森林生態(tài)效益補償基金制度，規(guī)定五大林種中的防護林和特種用途林與其他三類林種采取不同的采伐和流轉(zhuǎn)制度，已經(jīng)肯定了分類經(jīng)營管理的理念和做法，為分類經(jīng)營管理制度成熟后寫入法律留下了空間。

為充分發(fā)揮森林多種功能，滿足全社會的多元需求，提高管理效能，既考慮生態(tài)效益和林業(yè)發(fā)展，又考慮林農(nóng)權益和林區(qū)穩(wěn)定，本次森林法修訂在總結(jié)林業(yè)多年分類經(jīng)營改革成功經(jīng)驗的基礎上，將“對公益林和商品林實行分類經(jīng)營管理”作為基本制度在“總則”中予以明確，對公益林和商品林確立不同的經(jīng)營、管護制度，通過突出主導功能，發(fā)揮多種功能，實現(xiàn)森林資源科學經(jīng)營、永續(xù)利用。

對于公益林，核心就是嚴格保護。本次修訂首先明確了公益林劃定的基本原則和范圍。以主導功能和生態(tài)區(qū)位為分類依據(jù)，規(guī)定將森林生態(tài)區(qū)位重要或者生態(tài)狀況脆弱，以發(fā)揮生態(tài)效益為主要目的的林地和林地上的森林劃定為公益林。

實際工作中，根據(jù)國家林草局和財政部共同制定的《國家級公益林區(qū)劃界定辦法》，開展了國家級公益林的劃定。在總結(jié)實踐中公益林劃定具體范圍、標準的基礎上，新修訂的森林法規(guī)定重要江河源頭匯水區(qū)域，重要江河干流及支流兩岸、飲用水水源地保護區(qū)，重要濕地和重要水庫周圍等區(qū)域的林地和林地上的森林等，應當劃定為公益林。其次，建立了公益林的經(jīng)營和管理制度。一是強調(diào)科學保護。嚴格保護公益林并非排斥科學經(jīng)營，公益林中生態(tài)功能低下的低質(zhì)低效林，應當采取林分改造、森林撫育等措施，提高森林質(zhì)量和生態(tài)保護功能。二是嚴格采伐管理。公益林以發(fā)揮生態(tài)效益為主，除因科研、防火、有害生物防治等特殊需要以外，只能進行撫育、更新和低質(zhì)低效林改造性質(zhì)的采伐。三是規(guī)范合理利用。為了提高森林經(jīng)營質(zhì)量，調(diào)動公益林經(jīng)營的積極性，在嚴格遵守國家有關規(guī)定、符合公益林生態(tài)區(qū)位保護要求、不影響公益林生態(tài)功能、經(jīng)科學論證等前提下，可以合理利用公益林林地資源和森林景觀資源，適度開展林下經(jīng)濟、森林旅游等。再次，加強對非國有公益林經(jīng)營者權利的保護。公益林實施嚴格保護，會對林業(yè)經(jīng)營者的權利進行一些限制。本次修訂在原森林法基礎上，特別規(guī)定公益林劃定涉及非國有林地的，應當與權利人簽訂書面協(xié)議，并給予合理補償。

對于商品林，核心是依法自主經(jīng)營。本次修訂明確，未劃定為公益林的林地和林地上的森林屬于商品林。規(guī)定國家鼓勵發(fā)展商品林，經(jīng)營者在不破壞生態(tài)的前提下，依法享有自主經(jīng)營的權利，可以采取集約化的經(jīng)營措施，提高經(jīng)濟效益。商品林也要兼顧生態(tài)效益，商品林可以采取包括皆伐在內(nèi)的采伐方式，但應嚴格控制皆伐方式，按照規(guī)定完成更新造林。同時，針對實踐中一些不科學造林影響生態(tài)環(huán)境的情況，對發(fā)展速生豐產(chǎn)用材林等提出了“在保障生態(tài)安全的前提下”的要求。