（1）微生物肥料必須選用質(zhì)量合格的產(chǎn)品，質(zhì)量低劣、過(guò)期的不能使用。必須保存在低溫（最適溫度4~10℃）、陰涼、通風(fēng)、避光處，以免失效。
    （2）為盡量減少微生物死亡，施用過(guò)程中應(yīng)避免陽(yáng)光直射；拌種時(shí)加水要適量，使種子完全吸附。拌種后要及時(shí)播種、覆土，且不可與農(nóng)藥、化肥混合施用。
    （3）一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果較差，要配合施用石灰、草木灰等，以加強(qiáng)微生物的活動(dòng)。
    （4）微生物生長(zhǎng)需要足夠的水分，但水分過(guò)多又會(huì)造成通氣不良，影響好氣性微生物的活動(dòng)。因此，必須注意及時(shí)排灌，以保持土壤中適量的水分。
    （5）微生物肥料中的微生物大多是好氣性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷細(xì)菌等。因此，施用菌肥必須配合改良土壤和合理耕作等措施，以保持土壤疏松、通氣良好。
    （6）微生物活動(dòng)需要消耗能量。有機(jī)質(zhì)是微生物的主要來(lái)源，有機(jī)質(zhì)分解還能供應(yīng)微生物養(yǎng)分。因此，施用生物肥料時(shí)必須配合施用有機(jī)肥料。
    （7）微生物生長(zhǎng)需要多種養(yǎng)分。因此，必須供應(yīng)充足的氮、磷、鉀及微量元素。例如豆科作物生長(zhǎng)的早期，必須供應(yīng)適量的氮素，以促進(jìn)作物生長(zhǎng)和根瘤的發(fā)育，提高固氮量；施磷肥能發(fā)揮“以磷增氮”的作用；適量的鉀鈣營(yíng)養(yǎng)有利于微生物的大量繁殖；鉬是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，鉬肥與根瘤菌肥配合施用，可明顯提高固氮效率等。