首先，長期用抗生素預防感染，可使羊體處于一種“依賴”抗生素的狀態(tài)，從而不能主動調動免疫系統(tǒng)與病原微生物作斗爭。久而久之，免疫系統(tǒng)就會因得不到“刺激”和“鍛煉”而喪失免疫功能。一旦病原入侵，就無法對付。
第二，有些抗生素對內臟有損害。如四環(huán)素、紅霉素、灰黃霉素等，對肝臟有一定的毒性作用。肝臟受損，制造免疫球蛋白的功能就會下降，會間接地削弱了機體免疫功能。有些抗生素，如氯霉素，可致白細胞減少甚至再生障礙性貧血。由于血中或骨髓中具有免疫活性的細胞減少，也可降低免疫功能。
第三，由于濫服抗生素，使機體內一些正常而有益的細菌（如腸道雙歧桿菌）減少，導致局部保護作用減弱或消失，也會得病。還有些抗生素，如鏈霉素、氯霉素、紅霉素、頭孢唑啉和多黏菌素B等都能抑制免疫功能，削弱機體抵抗力。
