建立生態(tài)保護(hù)補(bǔ)償相關(guān)制度，是實施空間規(guī)劃的重要保障。《意見》明確，將以“三區(qū)三線”為依據(jù)，強(qiáng)化生態(tài)保護(hù)，確定生態(tài)補(bǔ)償重點領(lǐng)域，分別建立森林保護(hù)補(bǔ)償制度、草原保護(hù)補(bǔ)償制度、濕地保護(hù)補(bǔ)償制度、荒漠保護(hù)補(bǔ)償制度、水源地保護(hù)補(bǔ)償制度，探索建立耕地保護(hù)補(bǔ)償制度，開展流域上下游橫向生態(tài)保護(hù)補(bǔ)償試點。

為確保生態(tài)保護(hù)補(bǔ)償各項制度落到實處，《意見》提出將建立一套科學(xué)合理的工作機(jī)制。其中包括，建立生態(tài)保護(hù)紅線管控機(jī)制，對在生態(tài)保護(hù)紅線內(nèi)從事生產(chǎn)經(jīng)營的企業(yè)、居住生活的農(nóng)戶以及其他影響生態(tài)環(huán)境的主體進(jìn)行有計劃、分批次逐步退出，嚴(yán)格禁止不符合主體功能定位的新增開發(fā)建設(shè)行為出現(xiàn)在生態(tài)保護(hù)紅線區(qū)內(nèi);建立穩(wěn)定的投入機(jī)制，整合中央和自治區(qū)生態(tài)保護(hù)資金，加大對重點生態(tài)功能區(qū)的支持力度;建立生態(tài)保護(hù)成效與資金分配掛鉤的激勵約束機(jī)制，對生態(tài)環(huán)境質(zhì)量明顯改善或惡化的地區(qū)，增加或扣減轉(zhuǎn)移支付資金。