一、來源不同
蜂巢素是人工提取蜂巢中的有效成分精制而成的，蜂巢膠是蜜蜂采集樹膠混合在腺體分泌物中加工而成的，但由于天然蜂膠（毛膠）含有重金屬而不能直接食用，因此市場上的蜂窩膠多為提純之后的蜂巢膠，因此僅從源頭上看蜂巢素和蜂巢膠有本質的區(qū)別。
二、成分不同
蜂巢素含有脂肪酸、鞣質、甙類、氨基酸、酶類和鐵、鈣、銅、鉀等微量元素，而蜂膠的主要成分是樹脂、蜂蠟和多種蜜蜂分泌物，尚含有豐富的黃酮類化合物、氨基酸、維生素、有機酸、礦物質等成分，但值得注意的是蜂巢素實際上含有一定量的蜂膠。
三、效果不同
蜂巢素最主要的效果是抗菌和炎癥，一般多用于輔助治療鼻炎、鼻竇炎、咽炎、肝炎、風濕性關節(jié)炎等癥的輔助治療，蜂膠除了抗菌炎外還具有增強免疫、降脂降壓、調節(jié)血糖等效果，特別適合免疫力低、高血壓、高血脂、高血糖、各種鼻炎、口腔炎等人群服用。
四、價格不同
蜂巢素是以蜂巢為主要原料制成的，蜂窩巢所有蜂巢產品中是最為便宜的，因此蜂巢素一般在30~50元左右（500克），蜂巢膠因產量稀缺而有“紫色黃金”說法，原始蜂窩膠（毛膠）基本上為200~300元一斤，提純之后的蜂巢膠的銷售價格達到600~800元一斤。
